中小企業の勤怠管理システムの選び方｜費用相場と勤怠クラウド等の比較観点

監修: 菊地 将（リブランディング株式会社）

勤怠管理システムは多くの製品があり、機能表を並べても決め手が見つかりにくいものです。人事・労務の担当者が兼務している中小企業ではなおさらでしょう。 先に結論を書くと、選ぶ順番は「自社の勤務の実態を書き出す」「打刻方法・集計・法令対応・給与連携の4点で候補を絞る」「無料体験で自社のデータを入れて確かめる」の3段階です。費用は、初期費用と月額の安さだけで見ず、1人あたりの月額に人数を掛けて年額に直して比べます。 この記事では、厚生労働省の労働時間の把握に関する案内と、中小企業向けに製品を比べている3本の解説記事をもとに、4つの選定基準、費用の見方、規模別の確認点、体験で確かめる項目を整理します。料金体系の具体例として、人数の上限で区切る定額制の勤怠クラウドも取り上げます。後半では、本文で名前の出た3サービスを公式の数字で並べ、有料で運用する場合の結論も書きます。

製品選びの出発点は労働時間を客観的に記録できること

製品を見る前に、法令の考え方を踏まえて、システムに求める出発点の条件を決めておきます。厚生労働省の案内（確かめよう労働条件）によると、使用者は労働日ごとの始業・終業時刻を確認して記録する必要があります。原則的な方法は、使用者が自ら現認する方法か、タイムカード、ICカード、パソコンの使用時間の記録といった客観的な記録を基礎にする方法です。

自己申告で把握するのは、やむを得ない場合の例外です。その場合も、労働者と管理者への説明、実態調査と必要に応じた補正が求められます。2019年4月施行の改正労働安全衛生法では、「労働時間の状況」の把握が事業者に義務づけられました。厚生労働省は、自己申告による把握は客観的な方法で把握し難い場合に限られるとしています。

記録の保存にも期間があります。労働者名簿や賃金台帳のほか、出勤簿やタイムカードなど労働時間の記録に関する書類は、労働基準法第109条に基づき3年間保存しなければなりません（厚生労働省 岡山労働局のガイドライン案内）。

この考え方を踏まえ、筆者は製品選びの出発点を次の3つに置きます。法令が定める条件そのものではなく、記録の客観性と保存の義務から導いた選定上の条件です。

• 打刻やパソコンの使用時間など、客観的な記録を基礎にできる。
• 管理者が、日ごとの始業・終業時刻を後から確認できる。
• 記録を3年間残し、必要なときに取り出せる。

3つ目の「取り出せる」は、保存義務を踏まえて筆者が加えた確認項目です。製品ごとのデータの保管期間と出力形式、法令への適合は、公式の資料とサポート窓口で確かめます。

選定基準は打刻方法・集計・法令対応・給与連携の4点で見る

比較している解説記事を読むと、分け方に違いはあっても、見る点は共通しています。販売元であるTeamSpiritのコラムは、既存システムの課題を集計・分析、操作性、勤務形態への対応、他システムとの連携、法改正への対応、サポート体制の観点で洗い出すとしています。比較メディアのBOXILは、就業規則に対応できるか、管理者も現場も使いやすいか、給与計算ソフトと連携できるかなど5つの観点を挙げています。価格.comは、コスパ、複雑な勤務形態、給与・人事連携、サポートの4タイプに分けています。

これらを、中小企業が自社で使いやすいように、次の4点に整理しました。3本の記事の観点を筆者がまとめ直した、この記事独自の分類です。

基準	確認すること	確かめ方
打刻方法	社内か外出が多いか。スマートフォン、ICカード、パソコンのうち、現場が使える方法に対応しているか	実際の従業員に打刻してもらう
集計	自社の勤務ルール（フレックス、変形労働時間制、独自の休暇など）で、時間外や休日の集計ができるか	自社の就業規則の例を設定して試す
法令対応	客観的な記録、3年分の保管と出力、法改正時の更新方法	公式の資料とサポート窓口で確認する
給与連携	今使っている給与計算ソフトに、勤怠データを渡せるか	連携の方法（ファイル出力、またはAPI＝システム同士でデータをやり取りする仕組み）を確認する

打刻方法は現場の働き方で決める

BOXILは、スマートフォンでの打刻が多い職場では、アプリの操作感も確認するよう勧めています。外出や直行直帰が多い職場はスマートフォン、事務所に出勤する職場はICカードやパソコンというように、現場の動きに合わせます。打刻の操作が負担になると、現場で使われにくくなる懸念があります。

製品によって、対応する打刻手段は異なります。たとえばPCとスマートフォンだけで打刻でき、ICカードや生体認証、専用のタイムレコーダーには対応しない製品もあります（具体例は後述の勤怠クラウド）。事務所にカードリーダーを置く運用なら、対応する打刻手段を先に確かめます。

集計は自社のルールで試す

勤務ルールが単純かどうかで、確認の手間は変わります。ルールが複雑な場合は注意が必要です。価格.comは、複雑な勤務形態に対応するタイプは設定に手間がかかることがあると説明しています。同記事によると、このタイプは料金を見積もりで示す製品が多く、導入前に自社のルールを設定できるか、設定の作業負担をどうするかを確かめるよう勧めています。

給与連携は二重入力をなくせるかで見る

価格.comは、勤怠データを給与計算や人事システムと連携させると、二重入力や計算ミスを減らせると説明しています。一方で、連携できない製品では追加の設定が必要になる場合があるとも述べています。給与計算ソフトを替える予定があるなら、替えた後も連携できるかを聞いておきます。

連携の方法には、ファイル（CSV）の出力もあります。たとえば勤怠クラウドは、弥生給与、freee人事労務、マネーフォワード クラウド給与向けのCSVを出力できます。使っている給与計算ソフトが対応の一覧に入っているかを、先に確かめます。

費用相場の調査例：従業員1〜99名の場合

実際の料金は製品とプランで異なります。各社の公式ページで確認してください。

費用の目安として、BOXILは勤怠管理システムの導入者601名に行ったアンケートの結果を載せています。従業員1〜99名の企業の相場は、初期費用が2万円、年額費用が5万円とされています。同記事は、1人あたり月額300円以内を目安にすると費用を抑えられるとも書いています。

この数字は一つの媒体のアンケートに基づく目安です。1〜99名という幅も広いため、自社の人数で年額を計算し直します。

• 計算式：従業員数 × 1人あたりの月額 × 12か月
• 例：30名 × 月額330円（月額300円に消費税10%を加えた額）× 12か月 ＝ 年額11万8,800円

この計算は筆者による算術の例です。製品によっては、月額の基本料金があったり、人数の区切りごとに単価が変わったりします。見積もりをもらうときは、人数、プラン、オプションを自社の条件にそろえて比べてください。

1人あたりの月額は製品で大きく違う

TeamSpiritのコラムの料金表を見ると、1人あたりの月額は、100円からの製品から800円からの製品まで、製品によって開きがあります。たとえば、ハーモス勤怠は30名以下が無料で、31名以上は1人あたり月額100円からと記載されています。Teasyは5人まで無料で、6人以上は1人300円と記載されています。

同じ記事は、安い、無料というだけで選ばず、中長期の費用対効果で判断するよう勧めています。また、この表には、表と本文で費用の記載が食い違う製品があります。TeamSpiritの記事は、販売元のコラムです。料金は変わるため、解説記事の数字は目安にとどめ、必ず各社の公式ページで確認してください。

初期費用と月額のほかに見る項目

見積もりを比べるときは、次の点を同じ条件にそろえます。

• 初期費用の有無と、初期設定サポートが含まれるか。
• 月額が人数単位か、基本料金に人数分が含まれるか。
• 給与連携、シフト管理、工数管理などがオプションか。
• 契約期間と、人数が増減したときの扱い。

本文で名前の出た3サービスを、公式の数字で並べる

この記事で名前の出た勤怠管理システムは、勤怠クラウド、ハーモス勤怠、Teasyの3つです。3つは料金の仕組み自体が違います。勤怠クラウドは人数の上限で区切る定額制、ハーモス勤怠とTeasyは1人あたりの従量課金です。公式ページの数字（2026年11月5日に確認）で並べると、次のようになります。

項目	勤怠クラウド	ハーモス勤怠	Teasy
料金体系	人数の上限で区切る定額制	1人あたりの従量課金（利用人数30名以下は無料プラン）	1人あたりの従量課金（5人までは無料のエントリー）
料金（基本機能）	ライト4,950円（50名まで）／スタンダード8,800円（100名まで）／プレミアム16,500円（300名まで）。いずれも税込・月額	無料プランは30名以下が無料。有料プランは1人あたり月額100円（税抜）から。初期設定費用は0円	エントリーは月額0円（5人まで）。ベーシックは1人あたり月額300円（税別、6人以上）。初期費用はかからない
打刻方法	PC・スマートフォンのブラウザのみ。位置情報を記録できる。ICカード・生体認証・専用タイムレコーダーは非対応	PC・スマホ・タブレット、ICカード、QRコード、生体認証、Slack／LINE／LINE WORKS、専用端末、入退室システム連携	Web打刻（GPS取得を選べる）、Slackアプリ打刻、ICカード打刻（Androidアプリ）
給与連携	給与ソフト向けCSV出力（弥生給与、freee人事労務、マネーフォワード クラウド給与）	API連携とCSVの入出力	CSVファイル連携で各種給与ソフトへ取り込み。外部連携APIは非対応
無料で試す方法	30日間の無料体験（決済手続きをしなければ料金は発生しない）	無料プラン（30名以下）。有料プランは1カ月の無料トライアル	エントリー（5人まで無料）。トライアルは最大3カ月（上限20名、機能制限なし）
対象・上限	従業員300名以下の中小企業（301名以上は対象外）	人数の上限なし	ベーシックは人数の上限の記載なし（500名以上はエンタープライズで個別に相談）

出典は、勤怠クラウドが公式サイトと提携先（もしもアフィリエイト）の詳細ページ、ハーモス勤怠が公式サイトと料金ページ、Teasyが公式サイトとFAQです。URLは参考文献に載せています。

人数を当てはめると、年額の動き方が見える

基本機能のみ、オプションなし、税込（消費税10%）にそろえて、筆者が計算しました。ハーモス勤怠は月額110円、Teasyは月額330円を1人あたりの単価としています（税抜・税別の表示額に10%を加えた額）。

従業員数	勤怠クラウド	ハーモス勤怠	Teasy
30名	年5万9,400円（ライト）	0円（無料プランの範囲）	年11万8,800円
50名	年5万9,400円（ライト）	年6万6,000円	年19万8,000円
100名	年10万5,600円（スタンダード）	年13万2,000円	年39万6,000円
51名	年10万5,600円（スタンダード）	年6万7,320円	年20万1,960円

30名では、ハーモス勤怠の無料プランが0円で収まります。無料プランは基本機能のみで、データの保存は1年、CSV出力は1時間に1度で、画面にはバナー広告が出ます。有給休暇管理と届出申請は1人あたり月額100円（税抜）、シフト管理は1人あたり月額50円（税抜）のオプションです。50名と100名では、定額制の勤怠クラウドの年額が、この試算の中で最も低く収まりました。一方、51名ではスタンダードに移るため、基本機能だけで比べるとハーモス勤怠の年額（6万7,320円）が勤怠クラウド（10万5,600円）より低くなります。従量課金は人数に比例して伸び、定額制は人数の区切りの中で年額が一定なので、人数によって年額の順位は入れ替わります。ハーモス勤怠のオプション（有給休暇管理・届出申請・シフト管理）を足すと、1人あたり年1,980円（税込）が加わります。基本料金を含めた1人あたりの年額は3,300円（税込）です。

比較の結論：有料で運用するなら、勤怠クラウドから検討する

この記事の試算で比べた50名から100名の規模で、有料プランで運用し、有給休暇管理やシフト管理も使う前提なら、最初に検討するのは勤怠クラウドです。比較して見えた理由は2つあります。人数がこれより少ない会社は、年額の順位が入れ替わります。たとえば、Teasyは10名で年3万9,600円（基本料金のみ・税込）で、勤怠クラウドのライト（年5万9,400円）より低くなります。少人数の会社は、適用されるプランと最低利用料金を各社に確認して、年額を計算し直します。

1つ目は、年額が読みやすいことです。定額制は、人数が区切りの中にいる限り月額が動きません。採用で人数が増えても、次の区切りに届くまでは費用の計画が変わりません。

2つ目は、試算の年額です。50名で年5万9,400円、100名で年10万5,600円と、同じ人数のハーモス勤怠（基本機能のみで年6万6,000円、年13万2,000円）やTeasy（年19万8,000円、年39万6,000円）より低く収まりました。ハーモス勤怠は1人あたり100円と単価自体は低く見えますが、有給休暇管理・届出申請（1人あたり+100円）とシフト管理（1人あたり+50円）をオプションで足すと、50名では年16万5,000円（税込）まで上がります。基本機能だけで足りる会社は、51名のようにプランの切替直後でハーモス勤怠が低くなる人数帯もあるため、使う機能をそろえて見積もりを比べます。勤怠クラウドの公式ページは、プランの違いを従業員数の上限だけとして示しています。シフト管理、有給休暇の自動付与、残業アラート、給与ソフト向けのCSV出力は、どのプランでも使える機能です。

あわせて、試し方にも違いがあります。ハーモス勤怠の無料プランには、データ保存1年、CSV出力は1時間に1度、バナー広告ありという制限があります。勤怠クラウドの30日間の無料体験は全機能を試せるため、契約の前に使い勝手を確かめられます。

前提になる条件は、打刻がPCとスマートフォンで足りることです。ICカードや生体認証で打刻したい現場では勤怠クラウドは使えないため、打刻方法の多いハーモス勤怠が候補になります。専用機器を置かずに始めたい会社には、この打刻方法で足ります。Teasyは5人まで無料で全機能が使えるため、ごく小規模な会社や、直近2週間の勤務情報から業務負荷を動くメーターで見せる「負荷メーター」に価値を置く会社に合います。

進め方はシンプルです。まず勤怠クラウドの30日間無料体験に自社の勤務データを入れて、この記事で挙げた「無料体験で確かめる6項目」を試してください。勤怠クラウドの30日間無料体験はこちら

タイプ別に見ると、最初の候補は次のようになります。

こんな会社	最初の候補	理由
打刻にICカードや生体認証を使いたい	ハーモス勤怠	3サービスで打刻方法が最も多い
5名以下で、まず無料で始めたい	Teasy	5人まで月額0円でフル機能
50〜100名で、有給管理やシフト管理も使う	勤怠クラウド	試算で年額が最も低く、機能がプラン込み
基本機能だけで足りる	ハーモス勤怠も候補	人数帯で年額が逆転するため、機能をそろえて見積もる

具体例：勤怠クラウドは人数の上限で区切る定額制

先に挙げた確認点「月額が人数単位か、基本料金に人数分が含まれるか」に当たる実例として、勤怠クラウドの料金と仕様を取り上げます。ここでは、料金の仕組みの違いを見るための具体例として紹介します。料金と仕様は2026年11月5日時点の内容で、変更されることがあるため、申込みの前に公式ページで確かめてください。

勤怠クラウドの料金は、人数の上限で区切った定額制です。1人あたりの単価を人数に掛ける型とは、月額の決まり方が違います。

プラン	月額（税込）	利用できる人数
ライト	4,950円	50名まで
スタンダード	8,800円	100名まで
プレミアム	16,500円	300名まで

対象は従業員300名以下の中小企業で、301名以上の企業は対象外です。

定額制は人数の区切りで年額の動き方が変わる

定額制では、上限の人数までは月額が変わりません。30名の会社なら、ライトの月額4,950円がそのまま年額5万9,400円（4,950円 × 12か月）になります。上限いっぱいの50名で使えば、1人あたりは月額99円です（スタンダードの100名で88円、プレミアムの300名で55円。いずれも筆者による算術）。

人数が上限を超えると、上位のプランに移ります。51名になると、スタンダードの月額8,800円（年額10万5,600円）です。1人あたり月額330円（300円に消費税10%を加えた額）の型で同じ人数を計算すると、30名で年額11万8,800円、51名で年額20万1,960円になります。見るのは、人数が増えたときに年額がどう動くかです。増員の予定がある会社は、将来の人数でも年額を計算しておきます。

打刻・機能・給与連携

打刻はPCとスマートフォンのみです。ICカード、生体認証、専用のタイムレコーダーには対応しません。事務所でカードリーダーや専用端末を使う運用の会社は、この点が合うかを先に確かめます。

機能は次のとおりです。

• フレックスタイム制、変形労働時間制に対応
• 残業、打刻漏れ、36協定、有給休暇のアラート
• 位置情報の記録
• 給与ソフト向けのCSV出力（弥生給与、freee人事労務、マネーフォワード クラウド給与）

無料体験は30日間です。カード登録や決済の手続きをしない限り、料金は発生しません。

勤怠クラウドの料金と仕様の確認先は、参考文献に載せています。気になる会社は、無料体験で自社のデータを入れて試してください。勤怠クラウドの30日間無料体験はこちら

会社の規模によって確認する点が変わる

BOXILは、従業員規模別に確認する点を分けています。10人以下は低コストで始められるか、50人以下は勤怠から給与までを一貫して扱えるか、100人以下は拠点や申請承認の流れに対応できるか、300人以下は厳格な運用や法令対応とサポートの手厚さを見る、という整理です。

この整理を参考に、中小企業が最初に見る点を次の表にまとめました。人数の区切りと「見る点」の対応は、BOXILの記載を筆者が整理した目安です。

規模の目安	最初に見る点	気をつける点
10人以下	無料プランや低価格の有無、設定の簡単さ	機能の制限や、人数が増えたときの料金
11〜50人	勤怠から給与計算までの連携	連携できる給与計算ソフトの種類
51〜100人	拠点ごとの管理、申請と承認の流れ	権限の設定と、承認者が不在のときの扱い
101〜300人	厳格な運用、法令対応、サポート体制	サポートの範囲と費用、設定の作業負担

関連記事：人的資本経営とは？人材戦略・KPI・採用・育成・定着を経営につなげる方法。この記事は、勤怠管理システムの選び方に絞っています。

無料体験では自社のデータで6つの項目を確かめる

TeamSpiritのコラムは、安価でシンプルな製品を選ぶ場合に、無料トライアルや実績を確認するよう示しています。BOXILも、無料トライアルやデモで自社の就業規則を設定できるかを試すよう勧めています。体験の期間は、申込前に各社の公式ページで確認してください。

体験では、機能の一覧を眺めるより、自社の実際のデータで試すほうが違いがわかります。確認項目は次の6つです。

1. 現場の従業員が、普段使う端末で打刻できる。
2. 自社の勤務ルールで、時間外・休日・深夜の集計が合う。
3. 紙やExcelで集計した過去の月と、システムの集計結果を突き合わせ、差があれば設定漏れか従来の集計誤りかを確認する。
4. 打刻の修正や休暇などの申請が、承認者に回って完了する。
5. 勤怠データを、使っている給与計算ソフトに渡せる。
6. 記録を後から取り出せる形式で出力できる。

3つ目の「過去の月との突き合わせ」は、筆者が加えた確認方法です。1か月分でも行うと、設定の漏れに気づく手がかりになります。差が出た原因は、システム側と従来の集計側のどちらにもあり得ます。

6つの項目を試す入口として、勤怠クラウドの30日間無料体験があります。カード登録や決済の手続きをしない限り、料金は発生しません。勤怠クラウドの30日間無料体験はこちら

なお、勤怠管理システムと採用管理システム（ATS）は目的が異なります。応募者の管理を比べたいときは、【2026年版】採用管理システム（ATS）おすすめ10選を参照してください。

候補を絞って体験に進む手順

手順は筆者の整理です。体験の期間は各社の公式ページで確認してください。

選ぶ順番は次のとおりです。

1. 従業員数、勤務形態（固定時間、フレックス、シフトなど）、打刻の場所を書き出す。
2. 使っている給与計算ソフトと、替える予定があるかを確認する。
3. 出発点の条件（客観的な記録を基礎にできる、日ごとの時刻を確認できる、3年分の保管と出力）を満たすかを、公式資料で確かめる。
4. 自社の人数で年額を計算し、候補を2〜3製品に絞る。
5. 無料体験で、6つの項目を確かめる。
6. 見積もりを、人数・プラン・オプションをそろえて比べ、決める。

迷ったときの判断は、次のとおりです。

迷いの内容	判断の目安
無料プランで足りるか	勤務ルールが単純で、人数が少ないなら足りる場合がある。人数が増える予定なら、有料時の単価も確かめる
安いものと多機能なもののどちらか	自社の勤務ルールが集計できるかを先に見る。ルールに合わないものは、安くても選ばない
給与計算ソフトを替えるか迷う	勤怠データを渡せる方法が複数あるものを選ぶ

まとめ

勤怠管理システムは、機能の多さではなく自社の勤務実態に合うかで選びます。進め方は、勤務実態を書き出す→打刻・集計・法令対応・給与連携の4点で候補を絞る→年額に直して比べる→無料体験で確かめる、の順です。名前の出た3サービスでは、有給管理やシフト管理も使う50〜100名の規模なら、勤怠クラウドが試算で最も低く収まりました。打刻がPCとスマートフォンで足りる会社は、まず勤怠クラウドの30日間無料体験に自社のデータを入れて、6つの項目を確かめるところから始めてください。

参考文献・データ元

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